El gobernador de Tabasco, Carlos Manuel Merino Campos, afirmó que la Refinería Dos Bocas no está contaminando los ríos cercanos, pese a las denuncias de habitantes y pescadores de Puerto Ceiba sobre la muerte de peces y cambios en el color del agua. Según Merino Campos, no hay descargas de agua de la refinería hacia los cuerpos de agua circundantes.

Medios locales reportaron la muerte de peces en el Río Seco, lo que generó preocupación entre la población. Sin embargo, el gobierno estatal aseguró en una entrevista con Telereportaje que la refinería no realiza ningún tipo de desagüe en los ríos cercanos. El mandatario señaló que Conagua, Profepa y la Secretaría de Salud realizaron mediciones de temperatura y oxígeno en un radio de 5 kilómetros del Río Seco y Puerto Ceiba entre el 2 y 3 de agosto.

Estas instituciones también tomaron muestras de agua, algas y otras sustancias para análisis de laboratorio. Merino Campos reafirmó que no se vierte ningún líquido en los ríos cerca de la refinería y recordó que en denuncias anteriores sobre muertes de peces se determinó que eran peces usados para carnada.

A pesar de las declaraciones oficiales, los pescadores y habitantes de Villa Puerto Ceiba y del ejido Andrés García La Isla sostienen que han observado peces cubiertos de aceite y grasa, además de percibir un fuerte olor a azufre y gas en el agua.